Agustín Almendra firmó un precontrato con el Rayo Vallecano y, según Esteban Edul, jugará allí a partir de junio de este año, cuando vence su contrato con Boca. Había sonado en Cruzeiro y en Racing, entre otros, pero lo que ya estaba claro era que no iba tener más minutos con la camiseta azul y oro.
A mediados de 2022, tras el conflicto interno que hubo entre Almendra y Sebastián Battaglia, DT en ese momento del Xeneize, el futbolista había sido separado del plantel. Tras jugar varios partidos en reserva y con la llegada de Hugo Ibarra al cargo de director técnico del primer equipo, el Consejo de Fútbol le ofreció a Agustín la posibilidad de regresar a entrenar con el plantel profesional y ser tenido en cuenta, pero para ello debía renovar su contrato que vence a mediados de este año. Al recibir la respuesta negativa por parte del jugador, fue separado y no suma minutos con la camiseta de Boca desde el 20 de febrero de 2022.
En total, disputó 69 partidos en el club y convirtió 6 goles. Un futbolista que en su momento le podría haber dejado una importante suma de dinero al club, se va por la puerta de atrás, libre, por diversos actos de indisciplina.